爱沙尼亚政府已决定结束对欧盟内部边界和申根地区的边境管制。然而，对行动自由的限制(即如果来自感染程度较高的国家，是否必须在过境时隔离14天)的适用，仍在国内边界适用。尽管如此，边境控制并不是评估隔离必要性的必要条件。

在边境管制期间，对个人的身份和旅行证件以及旅行目的进行检查，以确定此人是否可以入境。现在从欧盟成员国或申根公约或大不列颠及北爱尔兰联合王国到达爱沙尼亚可以无需检查旅行的目的,只需应用隔离限制措施。