爱沙尼亚一贯奉行自由贸易政策，基本不存在贸易管制。爱沙尼亚于2004年加入欧盟,执行欧盟的贸易管理制度和海关管理规定，海关税率与欧盟一致。根据欧盟的法规，爱沙尼亚对战略物资和文物的出口实行管制，对其他物品的进出口基本不实行贸易管制。

爱沙尼亚对于战略物资的出口实行许可证管理，制定了专门的许可证申领和管理办法，并批准有资格申领许可证的经营公司，所有许可证必须通过国家批准的中介组织申领。该管理办法由爱沙尼亚外交部出口管制司负责实施。战略物资主要包括军用物资和军民两用物资。2004年2月，爱沙尼亚颁布《战略物资法》，对属于管制范围的战略物资作出规定，主要包括：各种常规武器弹药、火箭导弹、生化武器、放射性物资、航空飞行器、水面水下舰船、电子通信设备及其他高科技军民两用产品。

爱沙尼亚对文物出口实施管制，须具有欧盟的特许。

食品贸易和动物贸易进出口检验检疫由爱沙尼亚地区事务和农村部下属的农业与食品局负责。