爱沙尼亚于2004年加入欧盟，作为欧盟成员国，爱沙尼亚进口管理体制同欧盟接轨，执行欧盟统一的贸易和投资政策，并按照欧盟标准修改关税制度、商品进口限制、准入制度、认证制度等相关法律，取消与曾经签有自由贸易协定的国家之间的农产品进口免税政策。爱沙尼亚对进口商品的品质检验也提升至欧盟标准。欧盟有关非关税壁垒和贸易救济措施在爱沙尼亚同样适用。例如，爱沙尼亚与欧盟其他成员国之间的贸易无关税和非关税壁垒，市场完全开放，商品自由流通；对非欧盟成员国则实行海关监管、统一进口税率和其他进口管制措施。

自2009年7月1日起，所有生产商、经销商均登记录入欧洲“贸易活动经营者登记备案识别系统”（EORI），并获得唯一的登记码（EORI），在从事对外经贸活动时，须向海关和进口商提供该编码。

爱沙尼亚禁止进口的物品和货物主要有：民用的刀枪和电击器具，仿冒名牌的货物，侵权产品（如盗版软件，CD、DVD等音像制品），麻醉品（如鸦片、海洛因等）及精神药物，威胁生态平衡的动物和植物物种等。

动物宠物、濒危动物和植物物种、自用药品和珍贵金属及其制品属于限制入境的物品，多数情况下受数量限制并需要证明。

非欧盟成员国人员入境爱沙尼亚时，个人携带物品以“自用合理”为原则，如果携带物品价值高于430欧元，但低于700欧元，可选择按海关税率逐个计算税额，或所有物品统一按2.5%的税率计算税额。如果价值超过700欧元或用于商业目的，则不适用2.5% 的税率。个人携带的现金、旅行支票总额超过1万欧元时，须主动填写旅客申报单。如果携带个人使用，而且不是在欧盟国家购买的交通工具，必须填写海关申报单，详细注明交通工具的种类、品牌、车架号、出厂日期、发动机排量和功率等，并交纳关税、消费税和增值税。

自非欧盟国家入境的旅客，禁止携带肉及奶制品入境。其他动物源性产品，如蜂蜜、 活牡蛎、贻贝和蜗牛等，每人限带2公斤。渔产品及其制品，包括虾、螃蟹、死牡蛎和 鱼子（黑鱼子除外），每人限带20公斤。年满18岁，步行或乘汽车入境的旅客，一个日历月内首次和第二次入境时，可以免税携带40支香烟、50支雪茄或50克烟草。第三次入境时，需按规定缴纳消费税。如果旅客能够证明其非有意为之，海关可考虑免征消费税。 一个月内首次步行或乘车入境的旅客，可以免税携带红酒4升，啤酒16升，酒精含量低 于22%的低度酒2升，或酒精含量高于22%的烈性酒1升。第二次入境时，需按规定缴纳 消费税。上述可携带免税烟酒制品入境的次数规定，不适用于乘坐飞机、火车和轮船入境的旅客。